Corresponde a la Compañía de Jesús que llegó a Tunja en el año 1611 en el Siglo XVII. En el año 1614 estuvo en Tunja San Pedro Claver, en su año de probación, pues este Convento Jesuíta tuvo importancia a nivel nacional.
Inicialmente se construyó el Convento, en el lugar que. Hoy ocupa el Colegio de Boyacá; contiguo a éste se construyó la Iglesia de San Ignacio, con una gran nave central con presbiterio poco profundo y, en lugar de capillas, dos naves laterales más bajas.
El altar mayor es tallado en madera; en el centro un pequeño tabernáculo de acabado primoroso; son de valor artístico los cuadros escultóricos del retablo mayor. En la decoración de los fustes encontramos decorados con grutescos vegetales y en las demás columnas, estrías verticales con formas diversas.
Uno de los cuadros más bellos en el Templo de San Ignacio es el de San Ignacio ante la aparición de Jesús, en un altar de grandes dimensiones de cedro negro y de preciosa talla antigua. Durante muchos años estuvo en este templo la escultura de San Antonio, realizada en el Siglo XVIII por el artista jesuita Pedro Laboria. En la misma forma, el Cristo crucificado que aparece en el Templo desde 1616, en la época del noviciado jesuítico.
La portada de piedra del Templo de San Ignacio, es considerada también como una joya del Siglo XVII. Sobre la cornisa y dentro de un triángulo, dice en abreviaturas en latín: «Alabado sea el hombre del Señor Jesús para siempre». El Convento de los Jesuítas fue destinado para el Colegio de Boyacá desde el año 1835, pues antes, dicho Colegio y Universidad de Boyacá estuvieron en el Claustro de San Agustín. Desde 1835, el Colegio de Boyacá ha realizado sus actividades educativas en los diversos niveles: Primaria, Secundaria y Universidad de Boyacá; ésta última hasta el año 1930. El Colegio de Boyacá fue fundado por el Vicepresidente Francisco de Paula Santander en el año 1822; es el claustro educativo de mayores dimensiones en la formación de las generaciones boyacenses.
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