Es una de las joyas arquitectónicas más bellas de la ciudad de Tunja, que sobreviven del período hispánico. Su construcción se inició en el año 1571, cuando se fundó el primer convento de monjas que se estableció en el territorio nacional. Su fundador fue don Francisco Salguero con su esposa Juana Macías de Figueroa. En la capilla de Santa Clara hay altares cuidadosamente tallados y cuadros antiguos de Santa Clara y San Bernardino de Sena; igualmente obras de los pintores Vásquez Arce y Ceballos, los artistas Figueroa y otros.
Según el crítico del arte Santiago Sebastián, la Iglesia de Santa Clara tiene «una planta muy sencilla, a base de una sola nave, con testero plano y arco toral apuntado, que pudiera derivar de San Francisco de Quito en opinión de Buschiazzo». La nave longitudinal está cubierta en forma de artesa a cuatro aguas, y sobre fondo rojo destaca una combinación de octógonos y rombos de madera dorada, los cuales enmarcan las típicas mazorcas y cruces. En el arco toral se repiten los mismos motivos vegetales de la Capilla del Rosario; las hojas dispuestas radialmente no parten de la arquivolta sino de la rosca.
Las pilastras del arco toral están decoradas con unas guirnaldas y el águila bicéfala del escudo de Tunja; en lugar de esta ave el artista parece haber estilizado un ave del país, una garza, en opinión de Marco Doria, a juzgar por la longitud de las patas. En la techumbre se destaca el sol, un motivo cristiano que atrajo a los indígenas de las regiones aledañas a Tunja, en la misma forma, se presenta una ornamentación mudéjar que es clásica de esta Iglesia en Tunja.
El Templo de Santa Clara La Real es célebre por la celda de la Madre Francisca Josefa de la Concepción del Castillo y Guevara, La Madre Castillo, considerada la mejor escritora mística y ascética de la época hispánica.
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